Đại học Y Hà Nội tọa lạc tại vị trí đắc địa trong trung tâm thành phố và có cơ sở vật chất hiện đại, rộng rãi. Trong những năm gần đây, trường liên tục cải tiến, xây mới nhiều cơ sở vật chất như các phòng thực hành, phòng học, khu ký túc xá nhằm tạo môi trường học tập tốt nhất cho các sinh viên.