Đại học Nha Trang có đa dạng các chương trình đào tạo như đào tạo chính quy đến sau đại học, hệ vừa học vừa làm và chương trình đặc biệt. NTU đào tạo đa ngành, đa lĩnh vực với chất lượng cao, đáp ứng được nhu cầu thị trường trong nước và quốc tế.

Chương trình đào tạo chính quy
Chương trình đào tạo chuẩn
Chương trình đào tạo chuẩn gồm 33 ngành
| Khoa học thủy sản | Khoa học hàng hải | Công nghệ thực phẩm |
| Quản lý thủy sản | Kỹ thuật cơ khí động lực | Công nghệ chế biến thuỷ sản |
| Nuôi trồng thuỷ sản | Kỹ thuật tàu thủy | Công nghệ thông tin |
| Công nghệ sinh học | Kỹ thuật ô tô | Hệ thống thông tin quản lý |
| Kỹ thuật môi trường | Kỹ thuật điện | Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành |
| Kỹ thuật cơ khí | Kỹ thuật điều khiển và tự động hóa | Quản trị khách sạn |
| Công nghệ chế tạo máy | Kỹ thuật xây dựng | Quản trị kinh doanh |
| Kỹ thuật cơ điện tử | Kỹ thuật xây dựng công trình giao thông | Marketing |
| Kỹ thuật nhiệt | Kỹ thuật hoá học | Kinh doanh thương mại |
| Tài chính – Ngân hàng | Kế toán | Luật |
| Ngôn ngữ Anh | Kinh tế | Kinh tế phát triển |
Chương trình đào tạo đặc biệt
Đối với chương trình đào tạo đặc biệt của ĐH Nha Trang, sinh viên sẽ được tăng cường tập trung học tiếng Anh. Số lượng học viên mỗi lớp đặc biệt sẽ ít hơn các lớp thông thường nên sinh viên sẽ được thực hành với giảng viên nhiều hơn.
Bên cạnh đó, đầu ra ngoại ngữ của lớp đặc biệt sẽ yêu cầu cao hơn. Điều này giúp sau khi tốt nghiệp, sinh viên có thể hoàn toàn tự tin về khả năng ngoại ngữ của mình.
Chương trình đào tạo song ngữ của NTU gồm 5 ngành sau:
- Quản trị kinh doanh (Anh – Việt)
- Kế toán (Anh – Việt)
- Công nghệ thông tin (Anh – Việt)
- Quản trị khách sạn (Anh – Việt)
- Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành (chương trình song ngữ Pháp – Việt)
Chương trình đào tạo Minh Phú – NTU
- Công nghệ chế biến thủy sản
- Nuôi trồng thủy sản
Chương trình đào tạo sau Đại học
Trường đào tạo trình độ Tiến sĩ ở 11 ngành sau:
- Nuôi trồng thủy sản
- Khai thác thủy sản
- Kỹ thuật cơ khí động lực
- Công nghệ chế biến thủy sản
- Công nghệ sau thu hoạch
- Kỹ thuật tàu thủy
- Công nghệ thực phẩm
- Quản trị kinh doanh
- Kỹ thuật cơ khí
- Kinh tế và quản lý tài nguyên biển
- Công nghệ sinh học
Trường đào tạo trình độ Thạc sĩ ở 19 ngành sau:
- Công nghệ thực phẩm
- Công nghệ sau thu hoạch
- Công nghệ chế biến thủy sản
- Công nghệ sinh học
- Kỹ thuật cơ khí (Chuyên ngành Kỹ thuật nhiệt/ Chuyên ngành Kỹ thuật cơ khí chế tạo)
- Kỹ thuật cơ khí động lực
- Kinh tế phát triển
- Quản lý kinh tế
- Khai thác thủy sản
- Quản lý thủy sản
- Nuôi trồng thủy sản
- Quản trị kinh doanh
- Công nghệ thông tin
- Quản lý hệ sinh thái biển và biến đổi khí hậu
- Quản trị kinh doanh và du lịch (Pháp ngữ)
- Kế toán
- Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành
- Kỹ thuật ô tô
- Kỹ thuật tàu thủy
Chương trình vừa học vừa làm
Đại học bằng hai
Chương trình đào tạo văn bằng 2 bao gồm 17 ngành:
- Kế toán
- Tài chính – Ngân hàng
- Kỹ thuật Ô tô
- Kỹ thuật xây dựng
- Công nghệ kỹ thuật nhiệt
- Công nghệ kỹ thuật điện, điện tử
- Công nghệ thông tin
- Công nghệ kỹ thuật cơ khí
- Công nghệ sinh học
- Công nghệ thực phẩm
- Công nghệ kỹ thuật cơ – điện tử
- Hệ thống thông tin quản lý
- Khoa học hàng hải
- Công nghệ kỹ thuật môi trường
- Kỹ thuật tàu thuỷ
- Nuôi trồng thuỷ sản
- Ngôn ngữ anh
Chương trình đào tạo liên thông trung cấp/ cao đẳng lên Đại học với 12 ngành
- Kế toán
- Tài chính – Ngân hàng
- Kỹ thuật Ô tô
- Kỹ thuật xây dựng
- Công nghệ kỹ thuật nhiệt
- Công nghệ kỹ thuật điện, điện tử
- Công nghệ thông tin
- Công nghệ thực phẩm
- Công nghệ kỹ thuật cơ – điện tử
- Công nghệ kỹ thuật môi trường
- Nuôi trồng thuỷ sản
- Ngôn ngữ anh
Chương trình dành cho cho người vừa học vừa đi làm, muốn học thêm văn bằng hai hoặc học lên trình độ cao hơn. Lịch học được trường sắp xếp linh hoạt nên sinh viên/ người đã đi làm hoàn toàn có thể linh động.


